Diversas víctimas acusaron públicamente a Maciel antes de su muerte, la mayoría hombres que pasaron por el seminario de los Legionarios de Cristo desde la década de 1940 hasta la década de 1960. El diario español El País publicó en 2006 que Maciel había sido investigado entre 1956 y 1959 por encargo del cardenal Alfredo Ottaviani, por lo que estuvo suspendido unos meses, pero luego repuesto en sus funciones.
La protección de Juan Pablo II durante su extenso papado lo mantuvo a salvo. Aunque muchos creen que el papa estaba cegado por la confianza en Maciel, algunos periodistas han especulado que la Iglesia pospuso actuar ante las acusaciones de abusos sexuales debido a que Maciel proporcionaba al Vaticano una financiación considerable gracias a las donaciones que recibía de las personas más ricas de México.
Finalmente, debió dejar la dirección de la congregación en 2004. Dos años después, en 2006, cuando Benedicto XVI ya era papa, le ordenó que se retirara del sacerdocio público para consagrarse a una vida de “oración y penitencia”. Maciel se mudó a Jacksonville, Florida (Estados Unidos), a una casa que compartía con otros sacerdotes, donde murió de causas naturales el 30 de enero de 2008, a la edad de 87 años.
Tuvo un funeral privado y fue enterrado en su lugar de nacimiento, Cotija, Michoacán. Maciel nunca se disculpó y siguió negando las acusaciones. Sin embargo, un informe publicado en 2019 por la congregación que él mismo creó, reconoció que Maciel abusó sexualmente de 60 menores de edad desde 1941. Pero además de los abusos perpetrados por Maciel, informaron que hubo hasta ese año un total de 175 menores de edad víctimas de violaciones cometidas por 33 sacerdotes de la congregación.
De los 33 sacerdotes identificados como victimarios, solo uno había sido condenado. El informe, sin embargo, fue considerado como un desesperado intento de los Legionarios de Cristo y del propio Vaticano para salvar a la congregación, no solo cuestionada por los abusos sexuales, sino también por ocultar 295 millones de dólares en paraísos fiscales, que fueron descubiertos al conocerse los Pandora Papers. La congregación actualmente tiene presencia en 21 países, con casi 1000 sacerdotes y 700 seminaristas.
