Aunque llegó al poder con la bandera de la transparencia y la lucha contra la corrupción estatal, el presidente Iván Duque tuvo que sortear varios escándalos al interior de su administración.
Uno de los casos más sonados fue el de la llamada ‘Ñeñepolítica’, porque presuntamente se habría presentado una supuesta compra de votos para favorecerlo durante las elecciones, lo cual se hizo público tras la muerte en Brasil de José ‘Ñeñe’ Hernández.
Otro escándalo fue el de la ‘narcohacienda’ del embajador de Colombia en Uruguay, Fernando Sanclemente, dentro de la que se encontró un laboratorio de cocaína, el exdiplomático asegura que no era suyo, a pesar de que estaba en sus predios.
Una polémica más se registró cuando desde el Congreso se reveló que, en medio de un operativo del Ejército, 18 menores de edad que estaban en un campamento de las disidencias de las Farc murieron, supuestamente, ajusticiados por soldados. Eso llevó a la renuncia del entonces ministro de Defensa Guillermo Botero.
El Ejército también estuvo en entredicho por las supuestas interceptaciones y seguimientos ilegales que se hicieron a cientos de civiles, periodistas y políticos colombianos por parte de uniformados.
En 2021 se conoció que $70.000 millones que se habían entregado a la Unión Temporal Centros Poblados para instalar puntos de conexión de internet en zonas rurales no se ejecutaron y no se pudieron recuperar, lo cual provocó la dimisión de la entonces ministra de las TIC, Karen Abudinen, a quien el Gobierno había respaldado inicialmente.
Más recientemente, una investigación periodística denunció irregularidades en la entrega de recursos del OCAD-Paz a municipios afectados por el conflicto, salpicando al entonces consejero presidencial Emilio Archila.