La Contraloría General de la República dio a conocer este martes los resultados de un operativo de policía judicial realizado en julio de 2025, en el que se evidenciaron serias irregularidades en la Nueva EPS, la entidad de salud más grande del país con más de 11 millones de usuarios y que permanece bajo intervención estatal desde abril de 2024.
El organismo de control recopiló información de carácter técnico, administrativo, jurídico y financiero que no había sido reportada en los sistemas de la Superintendencia Nacional de Salud ni en los estados financieros oficiales.
Uno de los hallazgos más preocupantes está relacionado con el aumento acelerado de los anticipos pendientes de legalización. En 2023 esta cifra alcanzaba 3,4 billones de pesos, pasó a 8,6 billones en 2024 y, solo en el primer semestre de 2025, ya ascendía a 15,2 billones. Estos pagos anticipados, que se entregan a clínicas, hospitales y demás prestadores para asegurar la atención oportuna de los pacientes, se han convertido en un riesgo para la liquidez de la EPS.
Aunque esta modalidad de pago fue diseñada para agilizar los servicios, la Contraloría advierte que, en la práctica, puede generar un uso indebido de recursos públicos debido a la falta de seguimiento efectivo sobre la prestación de los servicios, la ausencia de auditorías simultáneas y el incumplimiento de obligaciones contractuales. Esto compromete tanto la sostenibilidad financiera como la garantía del derecho a la salud.
El informe también señala que la entidad tiene alrededor de 22,7 millones de facturas** pendientes por revisar, cuyo valor total asciende a 22,1 billones de pesos. De estas, más de nueve millones resultaron ser duplicadas. Una vez eliminadas, quedaron por auditar 13,2 billones de pesos en facturación, de los cuales el 97 % corresponde al periodo 2024 y al primer semestre de 2025. Además, el 40 % de ese monto se concentra en solo 36 prestadores.
Con corte a marzo de 2025, la EPS registra 21,3 billones de pesos en cuentas por pagar, 10,5 billones en anticipos sin legalizar y 8,7 billones en facturas sin procesar. A esto se suma la falta de soporte documental en algunos contratos con prestadores de servicios de salud, tal como lo exige el Decreto 441 de 2022.
La Contraloría también evidenció deficiencias tecnológicas en la entidad. Según el organismo, la Nueva EPS no dispone de plataformas suficientes ni confiables para manejar la información, lo que limita el control y la transparencia en el manejo de los recursos del sistema de salud.
Otro aspecto crítico tiene que ver con las reservas técnicas. Con corte a diciembre de 2024, se encontró una subestimación de 11,1 billones de pesos en estos fondos, que deberían respaldar obligaciones ya reconocidas, pero aún no pagadas o facturadas. Esta omisión implica que la EPS podría no tener los recursos necesarios para cumplir con compromisos futuros.
En conclusión, la Contraloría sostiene que la situación financiera y administrativa de la Nueva EPS es grave y sigue deteriorándose, a pesar de la intervención estatal. El aumento de deudas, los anticipos no formalizados y el atraso en la auditoría de facturación representan señales claras de que la entidad enfrenta una crisis que pone en riesgo su continuidad y la adecuada prestación de servicios de salud a millones de usuarios.
El ente de control informó que trasladará toda esta información a la Delegada para el Sector Salud, con el fin de determinar las acciones de control fiscal correspondientes, las cuales podrían derivar en responsabilidades de carácter fiscal, disciplinario o incluso penal.
